"Dvojka" neboli "Okres"
roce 1960, v souvislosti s územněsprávní reformou, byl v Třeboni zrušen okres. Tím se uvolnila administrativní budova okresního národního výboru. Přidělením budovy pro školství se měl vyřešit problém nedostatku volných tříd. Vyvstal však jiný problém - přeměnit administrativní budovu na školu. Projekt urychleně zpracoval ředitel stavebního podniku Augustin Kotil. Adaptační práce byly zahájeny 4. 7. 1960. Při úpravách pomáhali učitelé i rodiče. Přes prázdniny se podařilo školu zrekonstruovat.
ylo rozhodnuto rozdělit stávající základní devítiletou školu na dvě samostatné školy. 1. ZDŠ zůstala v původní budově v Sokolské ulici, 2. ZDŠ byla umístěna v nově upravené budově v Gottwaldově ulici (dnes ulice Na Sadech).
řed zahájením nového školního došlo k rozdělení tříd, učitelského sboru a přestěhování části inventáře do nové školy. V budově bylo umístěno 11 tříd ZDŠ, 2 třídy samostatné zvláštní školy, 2 třídy hudební školy, 2 oddělení školní družiny a ještě 3 třídy dvanáctileté střední školy. Převážná část suterénu byla obsazena okresním archivem. Archivní materiály se postupně odvážely a po roce 1961 získala škola osm suterénních místností. Na dvoře stojící garáže nadále využívaly neškolské organizace. Pokračovalo se také ve vnitřních úpravách. Budovaly se školní dílny, odborné učebny a zajišťovalo se materiální vybavení. Škole chyběla tělocvična.
očet tříd základní školy rostl, zvyšoval se i počet žáků a tříd zvláštní školy. Situaci ještě zkomplikovalo rozhodnutí o vytvoření samostatného gymnázia, spojeného do té doby se 3. ZDŠ. V roce 1986 došlo k jejich rozdělení a 3. ZDŠ byla sloučena se 2. ZDŠ. Osm tříd prvního stupně však muselo dočasně zůstat v budově gymnázia, protože pro ně nebylo nikde místo. Ředitelství gymnázia požadovalo uvolnění prostorů. Po dlouhých jednáních bylo nakonec rozhodnuto přistavět k budově 2. ZDŠ nový pavilon s učebnami pro první stupeň. Současně s přístavbou probíhaly také stavební práce ve staré budově. Prováděla se výměna oken a rekonstrukce osvětlení.
září 1991 zahájilo 285 žáků prvního stupně školní rok slavnostně v novém třináctitřídním pavilonu. Tím byla vyřešena neutěšená situace základního školství ve městě. Vyřešila se také situace pro gymnázium, kterému se tím uvolnily prostory pro další třídy. V roce 1996 byla dokončena výstavba nové budovy pro zvláštní školu a ta 18. 10. 1996 definitivně opustila budovu v ulici Na Sadech. Od té doby slouží původní budova i přístavba pouze pro účely Základní školy Třeboň, Na Sadech 375.
rvním ředitelem školy se stal Jaroslav Vinduška a po něm Vojtěch Veselý. Od roku 1988 řídila školu Jaroslava Polenová, jíž vystřídala v únoru 1992 Jana Grammetbauerová. Od září 1992 stojí v čele školy Mgr. Jiří Pletka.